Хидрографската мрежа припаѓа на двата слива, Јадранското и Егејското сливно подрачје.
Водните ресурси кои се наоѓаат во НП Маврово воглавно ги обележуваат прекрасната река Радика и преубавото Мавровско езро.
Реките во подрачјето на паркот се релативно богати со вода и прават не толку густа речна мрежа. Овде е најкарактеристична реката Радика која протечува само со својот горен тек. Изворната членка на Радика е доста пространа и зафаќа површина од околу 300 км2 дел од водите на членката, преку неа, истекуваат во Јадранскиот слив. Радика е формирана од две помали рекички: Штировица и Црн Камен. Штировица ги собира водите од северната падина на Кораб дoдека Црн Камен има поголемо сливно подрачје кон кое гравитираат повеќе постојани и повремени водотеци, главно со пороен карактер, кои ги одведуваат водите од највисоките делови на Кораб и Враца. Радика и нејините притоки имаат планински карактер чии должни профили се одликуваат со брзаци и водопади, а исто така и со голем пад. Рачниот режим в одделни реки е нестабилен бидејќи дел од водите протекуваат низ варовити терени и се губат во нив.
Мавровскиот хидроенергетски систем опфаќа 13 реки, чии води се воведени во Мавровското езеро. Тука се опфатени реките: Штировица(десна оставка на реката Радика), Бела Река (притока на Штировица), Црн Камен, Аџина Река( Лева оставка на Радика), Бродечка, Кракорница, Богдевска и Врбенска Река, Беличица, Мавровска, Никифоровска и Леуновска река. Водата на Радика, од местото на нејзиното настанување до утоката на Мавровска Река, на составот- е воведена во езерото. Тој дел ги свртува левите притоки на Радика и практично е останат без вода во должина од 10 км. На тој сектор се останати само извесен број помали притоки(потоци и поточиња) кои не се каптирани и помалку го влажнат коритото на Радика.
Меѓу реките во долно реканскиот - мијачкиот предел треба да се споменат Говедаречка Река кај Тресонче. Мала Река, Галичка Река, Гарска Река, Белевчица, Мелница, Битушка Река, Видушница и Жеровничка Река.
Според теренските проучувања на Д. Василевски на подрачјето на Н. П . Маврово има повеќе езера кои, според нивниот настанок, може да се поделат на природни и вештачки.
Меѓу природните езера постојат ерозивни и акумулативни. Во нивното создавање како главен агенс се јавува глацијалната ерозија, а врз основа на режимот на акумулираната вода тие имаат постојан, повремен и периодичен карактер. Во сливот на реката Радика постојат 17 постојани езера расположени на следниве планини: Стогово-3, Дешат- 5, Кораб- 8, Шар Планина- 1.
Глацијалните езера се најмногубројни во сливот на реката Радика. Ги нема само на планините Бистра и Крчин. Попозонати езера на територијата на паркот се: Корапско Езеро, Мал кораб, Бачилски Камен, Локув, Турен Камен, Света Недела, Маруша Езеро и многу други.
Периодични езера има само во текот на зимскиот период од годината а во другиот дел се суви и безводни. Овие езера се наоѓаат на Кораб, Дешат, Бистра и Шар Планина.
Посебна туристичка атракција претставуваат понорниците во карстифицираните делови на сливот на Радика а особено на планината Бистра. Најпознати се Тонивода, Бистрица, Шарен Пејко и Породински поток.
Доста атрактивни се брзаците и водопадите кои ги има покрај сите површински водотеци, по целата нивна дожина. Најголемиот постојан водопад се наоѓа во близина на с. Ростуше на околу 20тина минути пешачење низ Дуфскиот кањон. Водопадот Дуф е висок околу 28 метри и е доста атрактивен посебно во пролетниот период кога нивото на водата е најголемо